Diyanet İşleri Başkanlığı Merkez Kütüphanesi 5 katlı olarak planlanmıştır. Zemin, 1 ve 2. katlarda özel çalışma odaları, sunum odaları, Peygamber Efendimize ait eserlerin yer aldığı özel bölüm, konferans salonu, çalışma ve okuma salonları bulunmaktadır. 3. kat ise nadir eserlerin yer aldığı bölümdür. Ayrıca arşiv katı da bulunmaktadır.
Diyanet İşleri Başkanlığı Kütüphanesi açık raf sistemine uygun olarak hizmet vermekte ve 300 kişi çalışabilmektedir. Kocatepe kütüphane şubesinde de aynı anda 135 kişi çalışabilmektedir. Ayrıca engelli okuyucular için materyaller ve özel çalışma odaları mevcuttur.